RNA質量控制
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儀器科技上海有限公司
1. 相關概念
RNA質檢參數OD260/OD280、OD260/OD230的意義。
260、280、320、230nm下的吸光度分別代表了核酸、蛋白質、鹽濃度和有機溶劑的值。
A230: 測定其它碳源物質，如酚，糖類等。
A260：核酸的吸收峰測，測RNA，DNA，引物等的濃度用的。
A280：蛋白質的吸收峰。
一般的，我們只看OD260/OD280(Ratio，R)在1.8~2.1范圍內時，我們認為 RNA中蛋白的污染是可以容忍的，不過要注意，當用Tris作為緩沖液檢測吸光度時，R 值可能會大于 2（一般應該是<2.2的）。當R < 1.8時，溶液中蛋白的污染比較明顯，可以根據自己的需要決定這份RNA 的命運。當R > 2.2時，說明RNA已經水解成單核酸了。純RNA的OD260/OD280的比值為2.0。
2. RNA質量檢驗
RNA樣品的品質檢測一般分為總量，純度與完整性三大項。總量：微量分光光度計測260nm吸收值計算。
純度：微量分光光度計測260nm/230nm吸收值的比值，用于評估有機溶劑殘留；260nm/280nm吸收值的比值，用于評估蛋白質污染比例。
完整性：以Agilent Bioanalyzer進行毛細管電泳(capillary electrophoresis)，并以軟件的RIN(RNA Integrity Number)分數評估，10為RNA完整性zui好，0為差。2.1 RNA純度
RNA在純化過程中容易受到DNA、蛋白質及有機溶劑的影響，這些殘存物將會影響以后的操作。光譜分析(NANODROP)利用物質對不同波長光的吸收度的不同，可以鑒別出溶液純度及濃度。RNA溶液的A260/A280的比值是一種RNA純度檢測方法，比值范圍一般為1.8-2.1。各項實驗對RNA純度要求不一，比如即使比值超出這個范圍，RNA樣品也一樣可以用于一些普通實驗中，如Northern
雜交、RT-PCR、熒光定量PCR和RNA酶保護等實驗。RNA Purity test: 1. protein contamination
OD260/OD280 ratio: 1.8-2.1 recommended 2. Organic solvent contamination: OD260/OD230 ratio: > 1.8 recommended OD260/OD270 ratio: > 1.2 recommended 2.2 RNA完整性
除純度以外，RNA的完整性也非常重要。自然界無所不在的RNase使RNA保
存相當不易。由于RNase廣泛存在而穩定，一般反應不需要輔助因子。因而RNA制劑中只要存在少量的RNase就會引起RNA在制備與分析過程中的降解。1）電泳法
2）流式芯片(2100 Bioanalyzer)
電泳顯示有無基因組DNA污染，有無RNA降解(28S, 18S條帶)；通過目測28S和18S條帶的比例可以初步評價總RNA的質量。一般認為28S:18S >= 2可以初步判定總RNA完整性較好。跑電泳，RNA應出現清楚的兩條Band (28S/18S rRNA)，有時會有第三條band (5S rRNA)，上方不可出現DNA污染條帶，28S/18S應近似兩倍。28S和18S核糖體RNA條帶非常亮而濃（其大小決定于用于抽提RNA的物種類型），在加樣孔位于圖片上方的看圖模式下，上面一條帶（28S）的密度大約是下面一條帶（18S）的2倍。下方還有可能觀察到一個更小稍微擴散的帶，它由低分子量的RNA（tRNA和5S核糖體RNA等）組成。在28S和18S 核糖體帶之間一般可以看到一片彌散的EB染色物質，可能是由mRNA和其它異型RNA組成。RNA制備過程中如果出現DNA污染，將會在28S核糖體帶的上面出現，即更高分子量的彌散遷移物質或者帶，此時zui好需要對總RNA進行純化。RNA的降解則表現為核糖體RNA帶的彌散。上述方法可以清楚分析RNA的完整性，但需樣本量過多。流式技術需求量降到25ng，除28S，18S外不應該有其他峰值，28S/18S應該在1.8-2.1之間。Integrity test by electrophoresis
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